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为了给客户提供更便捷的技术服务，创腾科技将会定期推出应用案例，供大家参考学习！
7月份共新增8个应用案例：
一、基于结构模拟研究HIV-1整合体结构功能关系及其抑制作用机制
二、从中草药中寻找潜在的HINI双靶点抑制剂
三、NTCP（钠离子-牛磺胆酸共转运蛋白）新型抑制剂的发现
四、UHRF2-SRA区域特异识别羟甲基化DNA作用机制
五、自动获取靶点及化合物活性信息,Pipeline Pilot在线整合Chembl数据库
六、Pipeline Pilot- 批量提取化学文献中的化学名称
七、PP中集成R语言的算法包实现化合物IC50曲线拟合计算的示例
八、如何在PP中自定义代谢转换类型并用于ADMET分析
具体案例简介及查看链接：
| 案例名称 | 基于结构模拟研究HIV-1整合体结构功能关系及其抑制作用机制 |
| 参考文献 | 15910–15915 | PNAS | September 7, 2010 | vol. 107 | no. 36 IF=9.737 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 计算生物学 |
| 简 介 | 本文采用分子模拟方法预测了HIV-1整合体结构及其同抑制剂结合的结构模型，并基于该结构研究了HIV-1整合体结构功能关系及其抑制剂作用机制和耐药机制。 |
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| 案例名称 | 从中草药中寻找潜在的HINI双靶点抑制剂 |
| 参考文献 | PLOS ONE |December 2011 | Volume 7 | Issue 12 | e1002315 IF=3.73 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 本文基于中草药数据库，联合采用多种分子模拟技术筛选发现了三个H1N1双靶点抑制剂，为研发双靶点流感药物提供一定指导。 |
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| 案例名称 | NTCP（钠离子-牛磺胆酸共转运蛋白）新型抑制剂的发现 |
| 参考文献 | Mol Pharm. 2013 March 4; 10(3): 1008–1019.IF=4.57 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | NTCP（钠离子-牛磺胆酸共转运蛋白）是人体内的主要的胆酸转运受体，同时NTCP也转运一些药物分子，影响药物分子的吸收。由于NTPC介导药物-药物之间的相互作用，并且目前为止NTPC的抑制剂的数目非常少，所以本文以FDA上市药品为例，采用药效团模型和贝叶斯模型进行NTPC抑制剂的识别。 |
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| 案例名称 | UHRF2-SRA区域特异识别羟甲基化DNA作用机制 |
| 参考文献 | Molecular Cell 54, 879–886, June 5, 2014 IF=15.28 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | CpG位点的局部或全局的DNA甲基化调控脊椎动物的基因的表达，本文报告了5hmc被UHRF2-SRA结构域特异识别的分子机制。 |
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| 案例名称 | 自动获取靶点及化合物活性信息,Pipeline Pilot在线整合Chembl数据库 |
| 参考文献 | |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | Chembl是一个包含大量类药性的化合物分子及其生物学活性与ADMET性质信息的在线的免费的数据库。通过该数据库，药物化学家可以省去大量查阅文献的时间，快速获取靶点或化合物的活性信息。这里我们给大家介绍，如何通过Pipeline Pilot自动获取Chembl中的数据，以用于后续的药物设计研究 |
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| 案例名称 | Pipeline Pilot- 批量提取化学文献中的化学名称 |
| 参考文献 | |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 化学文献中经常包含大量的化学名称，将这些化合物从文献中提取出来并转换成各种软件能够识别的化合物结构是一件很麻烦的事情。本文将通过Pipeline Pilot，通过自动识别化学文献中的化学名，并批量地将这些名称转换成化学结构。 |
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| 案例名称 | PP中集成R语言的算法包实现化合物IC50曲线拟合计算的示例 |
| 参考文献 | |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 化学信息学 |
| 简 介 | 已知Pipeline Pilot能够无缝整合开源软件R，本文通过介绍在PP中使用曲线拟合算法的R程序包来拟合HTS实验数据，并得到化合物IC50曲线的例子来说明在PP平台中如何使用R程序进行科研数据分析和建模。 |
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| 案例名称 | 如何在PP中自定义代谢转换类型并用于ADMET分析_邹传新 |
| 参考文献 | |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 化学信息学 |
| 简 介 | 已知，ADMET是指药物在人体内的吸收、分布、代谢、排泄和毒性等性质。如果在药物开发的早期阶段就能依据化合物的ADMET性质对化合物进行有针对性的选取和优化改造，这对提高药物研发的效率和成功率至关重要。本文通过简单介绍用户自定义代谢反应类型和应用于真实化合物数据库代谢产物的分析示例，展示如何在Pipeline Pilot平台中实现化合物ADMET性质的分析和预测过程。 |
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http://www.neotrident.com/news/detail.aspx?id=611