一篇Nature告诉你单细胞测序的另一种研究思路-技术前沿-资讯-生物在线

一篇Nature告诉你单细胞测序的另一种研究思路

作者:北京博奥晶典生物技术有限公司 2018-06-14T16:25 (访问量:31050)

 

 

 

【研究背景】

 

        过敏性哮chuan是一种顽固疾病,常因为炎症引发气道反应性增高,导致反复发作的chuan息、气促、胸闷或ke sou等症状,多在夜间发生,可自行或通过治疗而逆转。导致过敏性哮chuan的因素很多,除遗传因素外,哮chuan最重要的激发因素是吸入变应原,例如房尘螨,但是过敏性哮chuan是如何开始和产生的仍然是一个谜。之前研究表明2型先天性淋巴细胞(ILC2s)有助于粘膜稳态,同时会引发过敏性哮chuan。然而,ILC2s在转录上是异质性的,且对于ILC的功能状态知之甚少,指导ILC2s促进体内平衡与炎症的信号也并不清楚。随着过敏性哮*患病率逐年增加,确定ILC2s对警报素(Alarmin)反应的分子途径变得尤为重要,也是一个重要的研究领域。来自美国哈佛医学院免疫病研究中心和布莱根妇女医院的Kuchro领导的一个团队使用10X单细胞转录组测序确定了常驻在肺部中的ILC的转录谱,发现了神经系统用来与免疫细胞进行沟通的一种基本的分子线索,它可能潜在的触发过敏性肺部炎症,从而导致哮chuan

 

 

【实验流程】

 

 

【研究结果】

 

1、Alarmins(警报素)诱导ILC2s的异质性

 

        对24,187个细胞进行群体单细胞转录组测序(scRNA-seq),分析发现三种主要淋巴细胞状态:ILC1s,ILC2s,ILC3s,三种不同的ILCs聚类为11个特征亚群。警报素IL-33和IL-25差异地调控先天性淋巴细胞状态,但均激活ILC2s,高表达Il5,Klrg1和Arg1。无监督聚类分群结果显示细胞分群与警报素刺激紧密相关:亚群⑦和⑨-?中大多数细胞由IL-33激活,亚群⑤和⑧中的细胞主要由IL-25激活。被Alarmin激活的ILCs比静息ILC高1.5-2.5倍的基因表达,尤其是IL-33激活的ILC2s。

 

图1 通过scRNA-seq分析ILC的24,187个细胞(点)

 

        显著差异表达的基因包含那些在ILCs生物学中具有已知作用的基因(图2f)。Arg1,Il13和Klrg1在由IL-25激活的ILC2s亚群中高度表达。例如,亚群⑤和⑧,但是Ms4a4b仅在亚群⑧中表达。经流式细胞术验证上述基因在蛋白质水平的表达,与单细胞测序结果一致。综上,各ILC亚群存在不同的基因表达和功能状态,IL-33和IL-25差异地调节这些状态。

 

图2 代表差异表达基因(x轴)的集群(y轴)

 

2、Nmur1被鉴定为ILC2特异性Marker

 

        使用基于全长的SMART-Seq2分析了PBS,IL-25-,IL-33处理的606个ILCs细胞,其基因表达谱,聚类,以及PCA或差异表达基因与10X单细胞转录组测序的图谱高度一致;并将Nmur1鉴定为ILC2的特异性Marker(图3,上)。

 

图3 scRNA-seq鉴定出ILC2特异性基因

 

3、NMUR1在ILC2中特异性表达

 

        NMUR1是神经肽NMU的受体,并且NMU-NMUR1信号调节炎症反应,但该途径在ILC中的作用未知。用房尘螨(HDM)提取物刺激产生气道炎症反应,Nmur1在ST2+ILC中高表达(图3,下)。通过Nmur1–LacZ报告小鼠,经流式细胞术评估NMUR1蛋白表达,大约40%的ST2+ILCs表达NMUR1(图4)。并且无论警报素如何刺激,NMUR1主要在ST2+ILC中表达,且与IL-25受体IL-17RB的表达无关。

 

图4 q-PCR和流式细胞术测定肺部神经肽受体NMUR1表达量

 

4、神经肽NMU显著扩大IL-25驱动的过敏性炎症

 

        通过qPCR评估,在体外,NMU仅轻度上调Il5和Il13,但是当与IL-25联合时,NMU显著增加了Il5和Il13的mRNA和蛋白质表达,L-33和NMU的组合也增加IL-5和IL-13的表达,但程度低于IL-25与NMU结合。在体内,IL-25和NMU之间的协同作用更为显着,IL-25与NMU联合引起显着的气道反应(图5)。其不增加肺组织中IL5或IL13的 mRNA的表达,而强烈地增加肺和BALF嗜酸粒细胞增多,并显着增强组织病理学炎症。总之,神经肽NMU将非病理剂量的IL-25转化为病理剂量。为研究内源性神经肽NMU在ILCs中的作用,分析NMU缺陷型(Nmu-knockout)与野生型(WT)小鼠中的ILCs:过敏原攻击Nmu-knockout小鼠后表达效应细胞因子的ILC2s频率降低,表明NMU显著促进ILC激活和效应功能—炎症反应。

 

图5 NMU促进IL-25诱导的过敏性炎症

 

5、IL-25+NMU结合加重炎性ILC2s表达

 

        Burkett说,“ke sou是由神经系统调节和控制的,我们的发现表明了NMU的作用:它能够诱导平滑肌收缩和炎症。”用PBS,NMU,IL-25和IL-25+NMU四种警报素激活ILCs,PBS(9,623个细胞),NMU(9,698个细胞),IL-25(6,849个细胞)和NMU+IL-25(9,372个细胞),单细胞转录组测序分析35,542个肺部驻留的ILC ,非监督聚类将它们分成11个簇(图6)。其中五个簇几乎完全由IL-25或IL-25+NMU活化的细胞组成。IL-25+NMU协同作用的一个机制是通过诱导不同亚群ILCs的增殖;用IL-25+NMU刺激的ILC比IL-25刺激的ILC的Ki67+ILC增加约两倍,表明有显着的增殖。IL-25+NMU协同作用的另一个机制是通过上调ILCs中IL-17RB表达;经流式细胞术评估IL-25+NMU 比单独的IL-25显著提高IL-17R+ILC 的频率,并通过定量实时PCR验证发现其上调肺中Il17rb的表达。

 

图6 IL-25和NMU协同活化炎性ILC2s

 

6、HDM促进神经肽受体NMUR1激活ILC2

 

        表征NMUR1信号传导对ILCs产生的影响,用HDM刺激野生型(WT)和Nmur1敲除(Nmur1-KO)小鼠,单细胞转录组测序分析21,895个单细胞,表征了ILC2s在WT和Nmur1-KO小鼠中的表达量(图7)。在Nmur1-KO小鼠中,与PBS对照相比,HDM刺激后ILC2频率显着降低,在WT小鼠中也出现的这种趋势,这与HDM刺激后Nmur1-KO小鼠中ST2+ILCs的降低频率一致。基于用HDM和PBS处理的野生型ILC2s之间差异表达的基因,研究定义了炎性ILC2标签(图7c)。IL-25+NMU刺激的ILCs高度表征了这种炎症信号,表明它识别与气道炎症模型无关的炎症ILC2s(图7d)。来自HDM处理的小鼠的ILC2s中的差异表达基因与用IL-25+NMU组合的小鼠的ILC2s中的那些显着重叠。在HDM攻击后,Nmur1-KO小鼠的ILC2s的平均炎性低于WT小鼠(图7e)。

 

图7 NMUR1信号调节过敏原攻击后的ILC应答

 
【研究结论】
 
i. 使用高通量单细胞转录组测序分析差异表达的基因,构建恒定和炎症条件下肺部常驻的ILC的转录图谱,并将NMUR1鉴定为由警报物和过敏原驱动的ILC2应答的调节剂。

ii. 动物模型出发,研究疾病模型:功能分析和基于单细胞测序的方法都证明,在缺乏NMU-NMUR1信号传导的情况下,ILC2表达下降并且在变应原(HDM)攻击后具有受损的效应子功能。尽管与过敏原激发的野生型ILC2相比,变应原激发的Nmur1缺陷型ILC2的炎症显着降低,但与PBS处理的对照相比仍然增加,表明除NMU之外的其他因素有助于ILCs激活。

iii. 机制探究找原因:NMU由来自DRG的神经元表达,表明神经元和化学感应细胞的协调作用可以促进基于组织的ILC依赖性2型免疫应答。吸入有毒物质或过敏原后的神经元激活可能会触发神经-免疫过程,同时促进身体对刺激的排出和过敏免疫。


综合起来,研究结果表征了一种新的导致免疫炎症的神经-免疫通路,其加剧了体内粘膜过敏性炎症。这些发现将为如何预防或治疗过敏性哮*提供新的治疗见解,可能导致人们开发出治疗哮*的新疗法。

 

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参考文献:
[1]Antonia Wallrapp et al ,. The neuropeptide NMU amplifies ILC2-driven allergic lung inflammation.(2017). IF=38.138(Nature.)
 
 
科研服务事业部 王美静、商桂娜 | 文案
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